肝结石手术后可能复发，肝结石手术通常称为肝内胆管结石手术，肝内胆管结石手术方式包括单纯取结石，这种情况下复发率较高，因为导致结石形成的原因可能是肝内胆管先天性异常。所以如果是单纯取出结石后，胆管结构异常没有办法改变，有可能在经过一段时间后再形成结石，为在临床过程中常见的一种情况。
对于肝内胆管囊状扩张的患者，通常没有较好的办法解决扩张和狭窄状态，所以取完结石一段时间后会再次形成结石，甚至多发结石。这种情况下唯一的办法是在等肝功能进展到较差的状态，结石进展到无法控制后进行肝移植。另外，对于曾经进行过外科手术，如胆肠吻合手术的患者肝内胆管结石取完后，尽管结石得到一定好转，但是有可能反复发生胆道感染，且胆道狭窄情况依然存在，会导致再次形成胆管结石。
