骨髓增生异常综合征的存活率较难回答，高危的骨髓增生异常综合征病人若不经积极治疗，存活率基本为0。若为高危病人经历造血干细胞移植，可能达到治愈，骨髓增强抑制强度或存活率总体应可达40%以上，但也取决于疾病分型及治疗方案。骨髓增生异常综合征分为几个类型，可分难治性贫血，也可分为转换型。根据不同类型，生存机会不同。

难治性贫血伴有异常原始细胞增多，如难治性贫血，病人可能表现为一系，甚至三系全细胞的减少。但此类病人，若为低危情况，输血依赖不明显，此病人可长期存活十几年以上。而对输血依赖，建议做异基因造血干细胞移植。转化型趋向于白血病的转化，需结合其异常的染色体变化，分为高危的骨髓增生异常综合征，其转化为白血病的机会基本为100%，一般在3-6个月内转化。除其分型，还需根据治疗反应，新药治疗可否接受有一定关系。如去甲基化药物，阿扎胞苷或地西他滨，这类病人原来束手无策，仅依赖于输血。但经过药物治疗，部分病人可能脱离输血，但总的存活时间无较大的改善。