开颅手术后部分患者会遗留一定程度的癫痫发作。这种癫痫一般来说可以通过药物进行有效控制。开颅手术之后初期的癫痫发作，一般与周围的水肿及手术操作的刺激，还有术区的出血等原因有关。这种在开颅术后，早期出现的癫痫，一般通过药物治疗能够控制，且随着患者术区神经结构重塑和修复，患者癫痫能够再逐步地减缓，甚至在将来能够停用抗癫痫药物。
对于开颅术后晚期出现的癫痫，特别是在开颅术后数月乃至数年才出现的癫痫，常常和术区的胶质细胞的增生，胶质瘢痕的形成有关。这类癫痫通常不易控制，甚至使用一些抗癫痫药物，也不能将癫痫发作控制到满意的范围之内，必要时需要通过结合神经影像学的复查，以及脑电图的检查进行综合分析。若能将致痫灶定位在某个胶质瘢痕的部位，也可以考虑通过手术的方式切除致痫灶，才能够更好地控制癫痫。
