进行咽喉内窥镜检查时，通常会有些难受，但多数患者能够忍受。在做咽喉内窥镜前，为避免患者出现疼痛和咽反射，可以在喉咙里放置物体，多数患者会出现恶心、呕吐的反应，为使检查能够顺利进行，可在检查前在咽喉部喷表面麻醉剂。而为使表面麻醉剂能够充分作用在咽喉部黏膜，通常会喷2-3次，同时叮嘱患者避免咽下。
当麻醉充分后，患者会有口周皮肤，包括口腔内黏膜麻木、肿胀的感觉，但不会感觉到疼痛。当麻醉充分后再进行咽喉部的内窥镜检查，将内窥镜插入到咽喉部时，则不会出现疼痛，并且此时患者也不会出现恶心、呕吐的情况。通常对于配合好的患者，咽喉部的内窥镜检查仅需要0.5-1分钟，并且能够观察得比较全面、仔细。
