急性梗阻性化脓性胆管炎的病程多在胆道梗阻基础上发生，先发生急性胆管炎的相关改变，如腹痛、黄疸、高热，在胆道感染的情况下再进一步加重，引起胆汁化脓。
胆道梗阻持续存在，胆管内压力逐步上升，当上升到一定程度时会引起大量脓性胆汁和细菌通过胆血返流到血液，此时大量细菌进入血液，会引起严重的全身感染。
感染严重的情况下会引起感染性休克，血压下降、心率加快，大量毒性物质进入血液，引起脑部异常，从而形成中枢性抑制，导致昏迷，因此急性梗阻性化脓性胆管炎的病情是逐渐由急性胆管炎梗阻没有解除，感染进一步加重而发生。
因此出现急性梗阻性化脓性胆管炎时，往往会有生命危险。首先在早期要及时针对急性梗阻性化脓性胆管炎进行感染控制、梗阻解除，如果后期出现严重的急性梗阻性化脓性胆管炎，需要及时针对胆管减压引流，才能有效缓解病症加重。
