灌肠需要把肛管置入到肛门和直肠，外力的影响可能会导致肠黏膜损伤。灌肠时使用的灌肠液渗透压比较高，有时还会增加促进排泄的大分子物质，从而对直肠黏膜也会有明显刺激。
经常产生强烈刺激可以使肠黏膜内部分敏感的感受器变得逐渐迟钝，可能患者会对灌肠产生依赖，如果不进行灌肠可能较难引起正常的生理排便。灌肠可能造成直肠黏膜损伤，甚至造成直肠穿孔，这些均是可能由于灌肠所产生的不良影响。
患者在便秘的时候，尽量通过生活方式、饮食、运动，以及比较安全相对副作用小的药物进行调节，避免使用灌肠缓解便秘的情况。如果患者便秘情况比较急迫，偶尔也可以使用灌肠的方式，但如果经常使用灌肠的方式，可能会造成比较多的不利影响，如产生依赖、肠道损伤、黏膜损伤，从而影响健康。
