脑干血栓的最佳治疗时间肯定是越早越好，能够在数分钟发现及时就医，就不在半小时处理；如果能够半小时发现就医，就不要拖到1个小时；能够在1个小时就不在2个小时进行治疗，越早越好、越快越好，只不过这时并不是人为能够完全掌控。
因为患者的发病时间、发现时间以及送医的时间过程需要一定时间，如果说黄金时间，一定是在3小时内比较好。如果能够3个小时内发现并及时送医治疗，还是比较有希望治好。由于时间就是大脑，脑细胞对于缺血、缺氧实在太敏感，数分钟、数小时可能会出现非常严重不可逆的后果，所以越快越好。
发病3个小时内，可以采用血管再通疗法，如静脉溶栓、应用阿替普酶进行治疗，还可以采取桥接的办法。如果溶栓效果不好，可以用直接取栓的办法进行治疗和尝试，以及早期应用改善侧室循环、营养脑细胞、改善微循环这些药物进行处理。总而言之越早越好，3个小时是黄金时间，如果6个小时内仍然可治，发现晚效果就差，预后也偏差，甚至有可能会导致严重的不良后果。
