卵巢囊肿与多囊有关，但并非完全一样。囊肿通常可以是肿瘤，也可能是多囊，囊肿只是表现形态。多囊实际是卵巢的多个囊泡，导致卵巢体积增大，B超表现为多囊。尤其是卵巢囊肿，少数可能是多囊的表现，但多数都只是囊肿的表现。例如炎症性囊肿，包括输卵管积水、卵巢的巧克力囊肿这些非肿瘤性囊肿，还有肿瘤性囊肿，例如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤、畸胎瘤。
卵巢癌也可以表现为囊肿，黏液性癌表现为黏液性囊肿，浆液性癌表现为浆液性囊肿。多囊通常表现为双侧性，即每个卵巢上都有多个囊泡，能够在B超观察到多个囊泡同时发育，通常说明是多囊改变，同时应该合并有月经改变。
