肛周脓肿自行破溃后涂抹外用药物的疗效有限，不建议用药涂抹自行破溃的创面，包括碘伏这类表面消毒剂，效果并不明显。肛周脓肿破溃后流出的是脓，感染组织比较深在，感染、入侵的细菌在组织深部，应用表面抗生素或表面消毒剂，都不会直接作用在深在的微生物上，因此不会产生明显疗效。
脓是细菌和各种白细胞等抗原因子残留物，不是活组织，用药来控制脓本身没有意义，引流是为了去除脓液，切开、清理完脓腔脓液后，周围感染组织还会继续分泌脓液，只要脓液有了去处，组织感染就会逐渐被控制住，这也是肛周脓肿手术的目的。
自行破溃的程度有限，会限制引流的彻底性，治疗不够彻底，会导致脓液在脓腔中残留，外面的破溃口也容易自行封闭，也会导致脓液残留，大概率会继发肛瘘慢性感染。如果需用药治疗，建议高锰酸钾温水坐浴或中药坐浴，对缓解肛周脓肿疼痛、促进感染消退、消肿，抗炎都有一定疗效。但是因为引流不够彻底，治疗效果也不会令人满意。
