益生菌是改善肠道菌群的药物。结肠中含有大量细菌，其分为有害菌和有益菌，二者之间是一种动态平衡，相互制约，缺一不可。细菌在肠道中主要是帮助消化吸收营养物质，巩固肠黏膜屏障。如果肠道菌群发生改变，如应用大量抗生素或感染有害菌等，会造成肠道菌群失调，从而影响消化吸收，破坏肠道黏膜屏障，可以出现腹痛、腹泻及肠道内细菌毒素的易位而造成菌血症等情况。

益生菌有重建肠道菌群的平衡、恢复肠道黏膜屏障、恢复对营养物质的消化吸收的作用。此外益生菌还有改善和调节免疫力的作用，很多动物实验都提示益生菌有清除病菌、减少毒素易位的能力，还可以改善脂肪肝及动脉粥样硬化等多种疾病。且益生菌副作用较小，适于长期使用。