尿道疼痛患者要明确诊断，最常见疾病为泌尿系统感染，可以通过尿常规中的白细胞水平进行判断，如果白细胞水平升高，可以确诊为泌尿系统感染，确诊后可以采用敏感的抗生素进行治疗。最常用抗生素为喹诺酮类抗生素和头孢二代和头孢三代的抗生素，喹诺酮类抗生素指的是沙星类药物，主要包括诺氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等 ，常用的头孢二代抗生素为头孢呋辛，头孢三代抗生素的口服药是头孢地尼，静脉输液药物有头孢曲松、头孢哌酮、头孢唑肟等。
除了采用敏感的抗生素进行治疗之外，还可以配合使用中药和中成药进行治疗，常用的中成药有泌淋清、热淋清、银花泌炎灵、癃清片，现代研究也证实这些中成药所含的成分，对于泌尿系统常见的致病菌有一定的抑制和杀灭作用。除了采用中成药治疗之外，也可以使用中草药进行治疗，常用中草药有金钱草、车前草、瞿麦、萹蓄等。
