引起脑神经痛的原因较多，需考虑疲劳、免疫力下降引起的病毒感染，导致的神经痛。此时需进行抗病毒治疗，可应用加巴喷丁、普瑞巴林，可改善症状。同时疲劳、情绪波动，或女性生理期，出现偏头痛发作和脑神经痛，需给予扩张血管的药物氟桂利嗪。也可以给予抗癫痫药物治疗，从而改善偏头痛发作症状。
颞动脉炎也可引起头痛，主要是病毒或细菌感染引起，需给予激素，以及抗病毒、细菌治疗，从而改善症状。三叉神经受到压迫时，也可引起相关症状，表现为三叉神经痛，需给予微创手术进行减压，或应用药物卡马西平、奥卡西平，改善三叉神经痛症状。此外，鼻窦炎、青光眼也可造成脑神经痛，主要是神经牵拉刺激造成，需治疗原发疾病，控制好眼压和鼻窦炎感染，即可改善头痛症状。
