脑脊液漏感染是临床上较为复杂的问题，其愈合比较困难，单纯修补再复发的风险比较高，所有的因素均会增加颅内感染的风险。脑脊液漏一旦继发颅内感染，首要治疗的原则主要是充分引流，可以行腰大池引流术或者脑室外引流术，首选脑室外引流术，引起不易堵塞。早期通过脑室引流管局部用药，可以较好的保护脑室系统，避免因为延误治疗导致感染，累及脑室系统，造成严重的室管膜炎，甚至化脓性脑室炎，继发脑室粘连等较为麻烦的问题。
脑脊液漏继发感染除治疗以外，常规的静脉保守抗感染治疗必不可少，而且抗感染时间一定要长。在脑脊液成分彻底恢复正常之后，即在脑脊液里查不到细菌，没有明确的感染迹象以后，静脉抗感染治疗不能立即停止，应该持续抗感染超过半个月以上才可以谨慎的停药观察。
在引流加局部用药、全身抗感染用药以后，如果感染得到比较好的控制，要考虑如何修补脑脊液漏。如果是开颅术后的脑脊液漏，要打开术区找到漏的部位，仔细的用自体组织进行修补；如果是鞍区脑脊液漏，可以通过鼻腔进行修补；如果是脊柱术后的脑脊液漏，需要彻底打开术区去掉椎骨，在硬脊膜上仔细寻找漏口，同时把感染的异物尽量去除干净，防止修补以后，局部感染再次复发。