新生儿肠道发现感染以后，首先要评估新生儿的状况。作为宝宝家长，怀疑新生儿肠道感染的情况，要带宝宝及时去医院，给孩子检查大便常规，必要时化验血常规，以及C-反应蛋白。还要注意孩子大便的次数、大便的性状，是否含有黏液和脓血，有没有其它异常的成分，奶瓣是否多，这时基本可以确立是不是感染，是细菌性感染还是病毒性感染，以及伴不伴有电解质紊乱的情况，有没有液体循环的问题。如果宝宝有循环系统异常，这时需要住院治疗。如果没有这些情况，感染症状又不严重，可以考虑接受门诊治疗。如果宝宝是细菌性感染，及时口服抗生素，一般用三代头孢类抗生素及时进行治疗，然后补充孩子的水分，主要是充分的母乳并适当加口服补液盐，再加肠黏膜保护剂以及益生菌就可以。如果是病毒性感染，一般可以加用抗病毒药物，防止肠道过度分泌来调节宝宝的肠道菌群，病适当补充液体。
