在临床上患者出现脑脓肿后有希望根治，特别是引起脓肿的原发灶得到有效控制的情况下，通过神经外科手术切除脑脓肿或进行脓肿穿刺抽吸的方式，都能使患者脑部较大的脓肿得到较有效的缓解和控制。但是患者手术治疗后仍然需要进行规范、较长时间的抗炎治疗，有助于患者脓肿的根治。

部分存在原发基础疾患的患者需要注意积极进行原发疾病的防治，如溃疡性结肠炎的患者由于肠道黏膜屏障的破坏，细菌容易进入血液引起脑脓肿。此外，支气管扩张的患者肺部屏障受到破坏，细菌也容易入血引起脑脓肿。而亚急性感染性心内膜炎的患者在心脏瓣膜上存在长期滞留的细菌性栓子，随着血流冲击可以进入到颅内形成脑脓肿。另外，患者中耳炎、鼻窦炎脓性感染后，可以进入颅内形成脓肿，如果患者仅将脑部的脓肿进行根治，而原发灶没有解决，脑脓肿容易复发。因此，若想根治脑脓肿，不仅需要处理脑囊肿本身病变，而且需要注意处理引起脑脓肿的原发灶，才能更好地根治脑脓肿。