白塞病最好的治疗方法取决于受累的器官和系统，如果只是口腔黏膜和外阴溃疡，治疗的方法最首选的是局部的糖皮质激素。如果局部的糖皮质激素效果不好，可以使用秋水仙碱、阿普斯特，也可以使用α-干扰素，也可以使用小剂量、中小剂量的激素，也可以使用免疫抑制剂，包括硫唑嘌呤、环磷酰胺、他克莫司。如果还不好可以选用生物制剂，生物制剂最首选的就是针对TNF-α单克隆抗体，当然还可以使用小剂量的白介素-2。

如果白塞病影响了眼睛，尤其是伴有积脓的前葡萄膜炎、全葡萄膜炎或视网膜血管炎，治疗可以局部使用糖皮质激素注射治疗，也可以使用口服的糖皮质激素联合免疫抑制剂。口服产品往往要使用足剂量，甚至可以使用冲击的糖皮质激素。当然如果上述药物效果都不好，还可以使用生物制剂，生物制剂也主要是针对TNF-α单克隆抗体。如果白塞病影响了血管，也主要是用激素、免疫制剂和生物制剂治疗。