肾囊肿的原因主要是分为先天性原因和后天性原因，先天性原因大多数是和遗传有关系，比较常见的就是多囊肾，多囊肾又分为成人显性遗传性多囊肾和隐性遗传性多囊肾。

成人显性遗传性多囊肾，是多囊肾中比较常见的一种类型，通常是20岁以后发病，以后肾脏会逐渐的增大。肾囊肿会逐渐的增大，然后导致肾脏的体积增大，影响到正常肾脏形态和功能，出现肾功能不全，最终导致尿毒症。这个过程不可有效干预，治疗仅仅只能让它进展得慢一点。

另外一个就是后天性的原因，主要是和生活方式有关系，老年患者后天原因是导致肾囊肿的重要原因。通常90岁以上的老人肾脏单侧出现三个囊肿几率，比年轻人或者比年纪稍微小一点老人，几率要多得多。

另外，肾囊肿理论上说和喝水有关系，因为肾囊肿通常是肾小管的稀释导致，喝水多，理论上囊肿增大得就会增快。但是虽然理论上推断是这样，但是临床上并没有找到一定的依据，所以肾囊肿的原因多种多样，常见的原因主要是遗传性原因和后天原因两种。