肺灌洗目前在临床上既能作为诊断的方法，也能作为治疗的方法。从诊断上，更多的是通过灌洗的方法，把存留在气道内的病原微生物，或者其它特异性的细胞灌洗出来，以此分析到底是什么病原感染，或者是什么疾病导致的问题。还也可以通过灌洗把癌细胞灌洗出来，通过镜下的检测，就能明确是不是癌细胞。所以对气管镜看不到的地方，通过灌洗手段能达到诊断的目的。从治疗上，比如煤矽肺，或者肺泡蛋白沉着症，都是通过灌洗来达到治疗的目的，灌洗量非常大，上万毫升，而且要在全麻下进行，技术要求相对会更高，需要到有资质的医院才能处理以上疾病。
