流产对于女性较常见的危害，包括精神上的恐惧和身体上的创伤。人流和药流都有一定痛感，包括无痛人流术后也会有疼痛，造成心理压力。药流药物可能会对肝脏或肾脏产生影响，但肝肾功能正常的女性，可以服用短效药。
人流术后会有并发症如残留，可能通过药物可以排出，而残留较大时，可能需二次清宫，从而增加手术创伤。部分流产次数较多，或先天性子宫内膜较薄，亦或是修复功能不好的女性，可能出现宫腔粘连的并发症。轻度宫腔粘连可能导致月经量减少，重度宫腔粘连可能对生育能力造成影响，增加怀孕难度，需进行多次手术。部分女性免疫力不佳，出现盆腔炎症上行感染，导致双侧输卵管堵塞，也可能造成日后不孕。
