复杂性肛瘘是指具有两条以上瘘管或分支，有两个以上外口或内口的肛瘘。可通过肛门指诊和肛门镜检大致判断瘘管走向、分支分布、内口位置高低等，可以确定肛瘘部位。现在常用的直肠腔内彩超可以测定肛瘘范围、内口位置以及管道支管分布，在检测括约肌损伤程度及诊断克罗恩病引起的肛瘘等方面有显著优势。其操作相对简单，费用较核磁共振低。此外根据病情，有时也会采用核磁共振检查。磁共振对于肛门周围软组织的走向、层次，判断更加准确，但是费用相对较高。
如果医院没有核磁共振和CT，可简单给予造影剂造影，有时瘘管不顺畅，不能够100%显示真实情况。手术过程当中，专科医生经常用美蓝染色法结合探针，从肛门外口进去探查内口以及瘘管走向、位置和高低，寻找和处理内口，切除瘘管，是保证手术成功的关键所在。
