肾结石疼痛的原因如下：
1、输尿管痉挛：肾脏内部分结石在排出的过程当中，由于输尿管痉挛引起疼痛。这种情况下较容易引起肾绞痛，表现为持续性的腰腹部疼痛，如刀绞一样，部分人会出现大汗淋漓、坐立难安，可伴有恶心、呕吐等症状。如果遇到此种情况，首先应止痛治疗，首选一粒双氯芬酸钠栓塞入肛门，大约半小时以后症状可以缓解；
2、梗阻：还有一种结石在引起梗阻以后会导致疼痛，如引起肾积水，进而会造成腰部胀痛或隐痛，一般为阵发性。注意这种疼痛应与其他疾病鉴别，如腰肌劳损、腰椎间盘突出。