肺炎衣原体阳性的患者有可能存在衣原体感染的情况，目前我们国家衣原体肺炎占所有肺炎患者的5%左右，所以它的比例也并不是很低。它的临床表现差异非常大，有一部分病人可以表现为自愈，即自限性疾病，这是症状比较轻的一部分患者。
另外一部分患者表现为非常严重的肺炎，这种肺炎无法自愈。对于这部分症状比较严重的患者，肺部的影像变化也比较严重，需要进行药物治疗，并且需要结合临床，选择对肺炎衣原体有效的药物，比如四环素、阿奇霉素、氧氟沙星等。
肺炎衣原体感染以后，即使衣原体肺炎已经治愈，患者肺炎衣原体的抗体也会持续很长一段时间，所以临床上治疗不能以衣原体抗体转阴作为停药的一个指标。此外，如果患者单纯表现为肺炎衣原体抗体阳性，而没有衣原体感染的其它临床表现，只能说明这个患者曾经感染过衣原体，而并不代表有新近的感染。
