肾囊肿是否影响肾功能需要根据实际情况来进行判断，具体如下：

1、单纯性良性肾囊肿：当直径＜5cm时，一般不影响肾脏组织，当直径＞5cm时，有可能对肾脏形成挤压，绝大多数情况下对肾功能的影响不存在；

2、复杂性肾囊肿：即囊肿有可能出现恶性病变，在切除肾囊肿后，绝大多数情况下不影响肾脏功能；

3、多发性肾囊肿：当囊肿比较大时，对正常的肾脏实质可能产生挤压，有可能影响肾脏的功能，但是影响很小，几乎在临床上不可见；

4、多囊肾：早期囊肿比较小时对肾脏功能没有影响，到了后期，年龄40-50岁时，可能囊肿急剧增大，大到直径十几公分，双侧肾脏布满大小不一、多少不等的囊肿。此时对肾脏实质有可能产生严重的损害，造成血中肌酐升高，即多囊肾造成的肾功能不全。同时由于囊肿过大造成肾脏损害，容易出现RAAS系统激活，肾素过度分泌，可以出现高血压。高血压本身也可对于肾脏造成严重的损害，从而加重血中肌酐的升高。