眼睛周围长扁平疣想要去除，可以采取冷冻激光的物理疗法，也可以使用抗病毒药物进行治疗。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的常见病毒性皮肤病，好发于面部、手背等处，主要表现为局部有黄褐色或者淡黄色的扁平丘疹，人为搔抓后可以使其增多。针对扁平疣治疗方法有很多，可以使用液氮冷冻，通过低温将局部疣体组织破坏，可以去除扁平疣。另外，可以采取电离子灼烧或者二氧化碳激光，通过热效应将局部扁平疣炭化、气化，也可以治疗扁平疣。但是，如果是眼睛周围的扁平疣，在治疗过程中就要注意加强眼睛防护，避免激光或者冷冻伤及眼睛，在黏膜部位引起不良反应。
此外，可以使用药物治疗，比如抗病毒的干扰素、咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏都可以使用，有时还可以配合维A酸类的药物，比如维A酸软膏局部外用，也有一定的促进扁平疣消退的作用。有时可以把物理疗法和药物疗法联合起来使用，可能效果更好。
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