化疗出现中途停止的主要危害，是可能会带来肿瘤治疗方面的影响。随着化疗中断，可能引起肿瘤细胞耐药，从而再次生长形成肿瘤，由于肿瘤耐药进展，使疾病进一步加重。此外，患者在此过程中，随着肿瘤细胞播散，包括血液系统和淋巴系统等，出现由早期到中期再到晚期的形式转变。涉及到疾病预后，可能受到明显影响。
但临床上面临化疗中途停止的情况，需要判断由什么原因导致。部分患者随着化疗药物反应增加或增大，难以耐受，包括胃肠道反应和骨髓毒性等，如4度骨髓抑制或伴随相应感染性疾病等，出现此类问题，不得不停用化疗药。主要以纠正副反应为主，一旦机体状态予以纠正，各项指标恢复时，后续可能会调整方案再继续用药。在肿瘤治疗上，可能并不会有太大影响。
