不典型膜性肾病多数不能治愈，但经过治疗，可以达到临床上的完全缓解或部分缓解。

不典型膜性肾病是病理诊断，相应的病理诊断有很多临床疾病原因，常见可以引发不典型膜的狼疮性肾炎、乙肝相关的肾炎等，要根据具体病因治疗。

对于狼疮性肾炎，通常需要添加激素和免疫抑制剂，免疫抑制剂包括环磷酰胺、环孢素、吗替麦考酚酯等，以及生物制剂利妥昔单抗等，治疗狼疮性肾炎。狼疮性肾炎是全身性疾病的肾脏表现，且系统性红斑狼疮患者需要终生服药，即便是肾炎缓解比较好，全身狼疮不活动，患者也需要终生小剂量激素维持。

乙肝相关性肾炎诊断以后，要明确患者是否有乙肝病毒的复制，如果有乙肝病毒复制，需要加抗乙肝病毒的药物。再根据患者血里乙肝病毒复制的情况，以及尿蛋白情况，考虑是否加用其他激素和免疫抑制剂类药物。

目前由于环境的污染，发现很多找不出具体病因的不典型膜性肾病。如果这类患者蛋白尿较多、血浆白蛋白低，或伴随着有肾功能进展，都需要积极治疗，主要是用激素和免疫制剂。

部分患者经过积极治疗以后，肾病综合征或蛋白尿可以得到部分缓解或完全缓解。但即便是完全缓解的患者，也可能在某些诱因情况下，比如药物减量、劳累、感染等因素下，肾脏病会复发，蛋白尿又重新增多。