肝肾囊肿的治疗需要根据不同的类型来判断，具体如下：

一、单纯性肝肾囊肿：具体要根据囊肿的大小以及是否引起相应的症状。

1、囊肿较小：如果是单纯的肝囊肿结合肾囊肿，在囊肿较小的情况下，一般不需要特殊处理；

2、囊肿过大：如果引起相应的压迫症状，比如肝脏压迫肠道引起进食困难，压迫肺部导致呼吸困难。而肾脏囊肿压迫腹膜后，甚至会有引起肾功能不全的可能性。所以针对这类的情况，需要及早给予处理，以避免相应的症状发作。肝囊肿还有可能会出现内部的出血、感染、胆瘘的情况，这些情况需要进一步手术治疗。

二、多囊肝和多囊肾：

这是一种遗传性疾病，多囊肝往往会合并多囊肾，这种情况具体的治疗主要是看囊肿是否引起肝功能不全或肾功能不全。针对囊肿过大导致肝内压迫、肝脏功能不全的情况，需要针对肝囊肿进行开窗、引流、减压，但效果往往并不能持续很久。因为其他的囊肿还有可能会继续生长，最终到达晚期的肝功能衰竭或者肾功能衰竭时，只能靠肝移植或者肾移植才能有效处理。