磷酸铝凝胶临床主要用于抗酸治疗，作为抗酸药能够缓解胃酸过多所引起的一系列反酸症状，可以用于治疗胃和十二指肠溃疡、反流性食管炎等与胃酸相关的疾病，能够发挥抗酸作用，从而有效缓解上述症状。

如果与氢氧化铝相比较，磷酸铝中和胃酸的作用稍微弱、作用较慢，但其优点是在于不会引起体内膦酸盐的丢失，不易影响人体内钙和磷的平衡。作为凝胶剂，磷酸铝成分能够形成类似胃黏膜的胶体性保护薄膜，可以起到物理隔离的作用，有助于保护胃黏膜和胃溃疡面的痊愈。磷酸铝凝胶是临床常用的处方药，要在医生指导下，凭医生的处方开具使用，使用过程中要注意和其他药物之间有可能发生相互作用，比如可能影响部分药物的吸收等。