真菌性角膜炎的治疗目前在临床上还十分棘手，根据真菌的种类不同，目前也有抗真菌性的药物，但并不是对每一个患者都敏感，所以一旦发生真菌性角膜炎，需要请专业的角膜组医生来进行诊治。一般需要进行角膜镜的检查来判定是否为真菌性角膜炎，以排除只是合并有真菌感染，或者本不是真菌性感染。

对于比较严重的真菌角膜炎患者，甚至需要全身口服药合并治疗，部分患者有可能会发生角膜穿孔，这种情况下还需要预防穿孔。对于更加严重的真菌性角膜炎，由于真菌菌丝的穿透力非常强，甚至需要进行全层的角膜移植。所以一旦发生真菌性角膜炎，一定要就诊于专业的角膜组医生。