隐睾手术并非较大手术，只要在正规医院进行，风险均可控。主要风险为睾丸回缩、睾丸萎缩及阴囊血肿。隐睾由于睾丸在下降过程中，通过外在或内在各种因素，导致睾丸停留在此条通道，有可能停留在位置较高的腹腔，亦有可能在位置较低的腹股沟或阴囊。
松动睾丸精索血管后下降至阴囊中，但固定后睾丸仍有向上回缩的风险。睾丸萎缩风险较大程度取决于睾丸自身情况，睾丸在体内时间较长或出生后发育停滞，故逐渐出现萎缩。即便完成隐睾手术，继续发育可能性较小，仍会出现睾丸萎缩情况。
术后还可能有阴囊水肿及阴囊血肿，但发生此种情况概率较低，且即便发生阴囊水肿，一段时间后水肿也会消掉。在正规医院进行隐睾手术，风险均可控，但对于超过青春期男生进行隐睾手术，由于隐睾存在恶变风险，故应先进行睾丸活检，再行睾丸下降固定。
