早期肛裂主要症状为排便时疼痛，婴儿不会说话，常表现为排便时哭闹，严重时可能因惧怕疼痛而不敢排便，从而导致恶性循环，加重便秘，下次排便加重肛裂。排便后家长为婴儿擦拭，可能在纸巾上发现血迹。
医师为婴儿肛门指诊时，患儿会因惧怕疼痛而不配合，此时无需强行进行检查，以免加重疼痛。检查时可能发现肛裂前方有前哨痣，但前哨痣并非静脉血栓导致的真正痔疮，而是肛裂合并感染导致的结缔组织性外痔，又称为皮赘痔。
如果平时排便正常，而肛裂症状较轻，粪便不是很干硬，患儿可能无明显的不适症状。腹泻时因为粪质刺激以及频繁擦拭肛门，可能导致局部疼痛加重，所以发现婴儿排便时哭闹较严重，或者发现肛门前方有皮赘状突起，需及时就诊。
