如果是肿瘤比较大的鼻咽癌，磁共振基本上能够检测出鼻咽癌。但也有一些非常早期的鼻咽癌局限于黏膜，主要表现为黏膜的粗糙、充血，磁共振上不一定会增厚，甚至表现不出肿块形式，单用磁共振很容易忽略早期的鼻咽癌。所以，目前早期鼻咽癌建议还是以内镜，即纤维鼻咽镜作为标准。
早期鼻咽癌里需要关注咽隐窝，磁共振上正常的黏膜可能厚度在2mm左右，早期时可能变成3mm或者4mm，需要引起重视。此时磁共振比鼻咽镜，特别是纤维鼻咽镜会有优势，一般早期的鼻咽癌往往没有症状，或者咽喉部不舒服，医生常规进行筛查时才发现，所以一般真正出现症状以后的鼻咽癌，往往是磁共振上能够发现黏膜的显著增厚，甚至是肿块。所以少数的情况下鼻咽癌不能被磁共振发现。
