甲状腺功能减退不会引起多囊卵巢综合征，但是甲状腺功能减退的女性可以同时合并有多囊卵巢综合征，即可以同时患两种疾病。并不是由于甲状腺功能减退从而所导致的多囊卵巢综合征，两者没有因果关系。甲状腺是人体重要的内分泌器官，甲状腺功能减退会影响垂体，因为垂体会同时控制甲状腺，也会同时控制卵巢，所以甲状腺功能减退可能会影响月经，导致女性月经量减少或者月经周期的改变。
但是即使造成月经的改变，也不会导致多囊卵巢综合征的发生。多囊卵巢综合征是一种多因素共同作用的疾病，而且临床表现是以月经紊乱、月经稀发、月经频发、闭经、不孕、高雄激素血症或者高雄激素为主，还包括代谢异常、胰岛素抵抗等多种临床表现。所以甲状腺功能减退和多囊卵巢综合征之间没有必然的因果关系，即使同时发生在一个女性，也可以同时进行治疗，治疗方法也有所差异。
