肥胖是否会影响阴茎发育取决于肥胖的原因：
1、单纯性肥胖：部分家长发现孩子阴茎比较小，认为是发育有问题，在医院检查后发现阴茎、性发育等没有问题，而是由于肥胖所导致的隐匿性阴茎，也就是腹股沟的脂肪过多，把阴茎包埋起来，就会误认为阴茎偏小，其实这种单纯性肥胖对于阴茎的发育没有太大影响；
2、其他原因：在临床上还有比较少见的疾病，这些疾病有遗传性也有后天性，有可能会出现肥胖，同时也会影响男孩子的性发育障碍，包括阴茎短小、睾丸小，甚至有睾丸的缺如。部分孩子会有特殊容貌，智力也会偏低下。再者部分患者可能会出现骨代谢的异常，就是身材也比较矮小，可能还会出现糖脂代谢的紊乱，比如血脂高、血糖高、尿酸高、肥胖。因此当患儿出现了肥胖，阴茎也比较小，同时还出现上述的特殊临床表现，建议到医院及时就诊。
