患者在服用益生菌以后，反而引起便秘，这种情况可能跟患者本身肠道里就存在着肠道菌群紊乱有关。患者补充益生菌，如果要改善肠道菌群紊乱、改善肠道动力状况，益生菌起作用的过程相对比较长，对于肠道菌群重新平衡的形成需要过程。在这个过程当中，可能不会有平常以为的作用产生，如某些细菌对患者肠道动力，可能会有促进作用，但可能某些细菌的作用或产生的相应的化合物，对患者的肠道反而是抑制作用。

患者通过补充益生菌来促进肠蠕动，可能在最初服用时，并没有达到患者所希望的菌群平衡。要经过肠道菌群紊乱的情况，就是在原来紊乱的基础上，补充了益生菌以后，可能又出现新的紊乱，然后益生菌在患者肠道内逐渐的定殖，形成优势的菌群，才能达到新的平衡。在没有形成新的平衡之前，可能会出现肠道动力紊乱的情况，表现出便秘。但这种便秘的情况，是短暂的过程，患者可以继续服用益生菌。同时也可以采用其它食疗或使用缓泻剂，来暂时性的改变、缓解便秘的情况。当益生菌在肠道内建立新的平衡以后，症状就会得到改善。