畸胎瘤手术，通常进行腹腔镜手术较多，其手术过程通常需要先打孔，一般需要在腹部打三个孔，让后向腹腔内充气，充气后让患者采取头低脚高位，使腹腔内的肠管堆到上腹部，从而使盆腔观察的比较清楚，从而方便检查卵巢、子宫，以及囊肿的具体位置。

找到畸胎瘤后，通常应用带电的小钩或小铲，将卵巢膜挖一小口，但一定不能穿破囊肿，从而将畸胎瘤剥除。畸胎瘤通常为良性病变，通常可以完整剥除。

如果囊肿数量比较多，且体积比较大的情况下，完整剥除通常比较困难，通常可以先将囊肿内容物吸出，然后再将囊肿剥除，剥除的囊肿通常放在取物袋内，通过腹部的开口，将囊肿拿出。