不典型孤独症的治疗和典型孤独症治疗相同，即进行社会交往能力、语言交流能力、运动协调性以及生活自理能力等各方面的综合培养。从2013年5月开始，医学上已经将典型孤独症、不典型孤独症和亚斯伯格综合征统称为孤独症谱系障碍。因此患者诊断以后，要对每个孩子进行全面评估，根据孩子各方面的能力发展水平来制定适合孩子的培训计划，在家庭中或者同时到专业培训机构进行培训。
治疗核心一定要建立良好的亲子关系，因为孤独症儿童最大的困难在于人际交往。因此在家中父母和家人要以充分耐心包容孩子，创造机会引导孩子主动找家长玩。父母要表现出开心和喜悦，让孩子感受到人际交往的美好，使得孩子越来越喜欢找爸爸妈妈玩，这样就有机会教会孩子和人互动和交流。临床观察发现，从小和父母家里人关系越亲密、越融洽的孤独症孩子，以后的康复效果越好。从小如果经常被逼迫、被勉强、不被理解和不被包容的孤独症孩子，更容易出现情绪和心理行为问题，难以适应社会。希望每个孤独症儿童都能拥有包容和温和友爱的父母或其他家人，陪伴孩子适应社会，过上独立自主、幸福喜乐的人生。