肺囊肿手术一般需进行全麻。部分医院存在保留患者自主呼吸行肺部手术，即应用基础静脉用药，患者自行呼吸进行手术。但只有部分病例存在适应条件，大部分医院为在全麻下进行，其较为安全麻醉方式，可保证患者整个手术过程中各项身体机能稳定。而局麻性手术在肺手术中安全性较低。
肺囊肿手术风险和其它肺部手术风险基本相同，主要风险包括感染、出血、支气管胸膜瘘、呼吸功能不全等。具体可分为手术带来的并发症和全身性并发症。而肺叶切除并发症包括术后早期出血、术后气胸、术后胸腔积液、胸腔感染、支气管胸膜瘘等。即支气管残端没有一期愈合出现支气管胸膜瘘或肺部感染、肺炎、肺不张等情况。患者若合并基础疾病，如糖尿病、冠心病、脑梗塞等，也会加大手术期间风险。术后需积极咳嗽、咳痰，以免肺炎、肺不张等并发症发生。还需早期下地活动，以免形成下肢静脉血栓。
