一般幽门螺杆菌检测阴性，说明没有幽门螺杆菌感染，但并不全是如此，部分情况虽检测阴性，但会出现假阴性，即有幽门螺杆菌感染没有检测出来。
如在检测幽门螺杆菌前，患者在这2周内服用一些抗生素，包括阿莫西林、甲硝唑、克拉霉素、左氧氟沙星、呋喃唑酮、米洛环素等。
还有在检测幽门螺杆菌前2周，患者服用质子泵抑制剂类的药物，如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等，均可能使检测结果出现假阴性。
此外，假阴性的出现可能为虽有幽门螺杆菌感染，但幽门螺杆菌感染不在胃里弥漫存在，可能这一处有感染，另一处没有感染，在做组织学的检查取的胃黏膜上没有感染，亦可能会出现假阴性的情况。
故对于临床上判断幽门螺杆菌阴性是否为真的没有感染，应结合具体情况进行具体分析。
