在临床上，准分子激光手术和飞秒激光手术有较大的区别，包括激光模式不同、治疗的手术模式不同、并发症不同、术后反应不同等，具体如下：

1、激光模式不同：手术过程中使用的激光模式不同，准分子激光手术手术中是使用的准分子激光，飞秒激光在整个手术过程中使用的是飞秒激光；

2、治疗的手术模式不同：准分子激光往往做角膜基质层的切削，直接形成了镜片，改变角膜的屈光状态。飞秒激光，特别是全飞秒激光，实际上是在角膜基质层用飞秒激光切削镜片之后，通过2mm的小切口将镜片取出，从而改变角膜的屈光状态，继而提升视力；

3、并发症不同：准分子激光往往需要制作角膜瓣，因此容易发生瓣相浑浊和感染或者是瓣复位不了，并发症会较多。全飞秒激光手术因为接触小，而且不制作角膜瓣，不会发生上述准分子激光手术所发生的可能性；

4、术后反应不同：准分子激光术后的反应要比飞秒激光较重，视力的恢复稳定性也弱于激光。准分子激光手术可以进行第二次手术，全飞秒激光手术第二次手术难度较大。

目前在临床上也有一种半飞秒激光手术，通过飞秒激光而做制作角膜瓣，然后用准分子激光进行切削。利用了两种激光的优点，使近视控制程度得到进一步的优化。