脑脓肿通常难以自行消退，属于炎性反应在局部形成的包裹性脓腔，周围是脓壁，中间是大量的坏死组织。临床上通常需要通过脓肿穿刺抽吸的方法将脓腔内部的坏死组织抽吸出，再进行规范抗炎治疗，脑脓肿才可能逐渐缓解甚至消失。对于较浅且脓壁较厚、占位效应较显著的脑脓肿患者，可以通过开颅手术的方式切除脓肿整体，有助于改善与控制病情。
脑脓肿通常不会自行消除，但对于体积较小且内部坏死组织较少的脑脓肿，患者应以静脉抗炎药物治疗为主，同时在治疗期间应动态观察病情变化。在必要时，患者需进行增强磁共振检查，以了解脓肿及脓腔的变化。对于部分脓肿较小，并且内部不存在明显坏死的脑脓肿患者，经过长期的抗炎治疗，脓肿有希望得到控制。
