乳腺癌PAM50分型是乳腺癌的分型工具，能够更加细致地明确乳腺癌患者的分子分型。分子分型对于乳腺癌的患者抑制性比较强，就算患者的分期和分级完全相同，但是患者的预后和治疗方式也不同。分子分型可以用免疫组化的方式进行分子分型，也可以用PAM50基因检测的方式进行分子分型，只是检测深度不同。免疫组化对乳腺癌的分子分型，细致程度没有PAM50深，其检测的是细胞表面的蛋白质，而PAM50是通过基因检测的方式，去计算患者的分子分型。

免疫组化和PAM50这两种方法，对于乳腺癌患者的分子分型，绝大多数患者能够完全重合，但是有一小部分患者的分子分型不重合，来源于临床过程中，发现有特别少的患者内分泌治疗较为敏感，但是病情却出现快速进展，其中部分原因是其基因水平的分子分型并非激素受体敏感，但此情况较为少见。

绝大多数的患者采取的都是免疫组化的方式，去明确分子分型，从而指导内分泌治疗、靶向治疗等其他治疗，也是指南推荐的标准的操作。对于比较尖端、前沿的PAM50的基因检测方式，去判断乳腺癌分子分型，并没有广泛应用于临床，目前在国内并未上市PAM50的检测方式，而且其检测成本较高。