孤独症是先天的还是后天的，如果明确是孤独症，肯定是先天的，一般来说在胚胎期，孩子就已经有一些基因的病变了，孤独症不是因为后天父母不会教导导致。
目前虽然还不明确病因，但是普遍认为这是一种，神经发育障碍性的疾病，具有高度的临床表现，和病因的异质性，是由遗传、环境和神经生物学，三者共同作用引起发病。
研究发现，遗传因素在孤独症的发病因素中，占到了重要的作用，单基因遗传因素占20%左右，大部分可能是由低风险的，多基因遗传引起的。
此外，非遗传性的因素也被认为参与到了，孤独症的发生发展中，比如说母孕期或者围生期的压力，或者多种的生物学因素，周围有毒的化学物质，以及污染物感染、免疫代谢等等，都可能使孤独症发生的概率增加。
