肛瘘可以根治。肛瘘为较常见的肛周感染性疾病，且为慢性感染性疾病，肛瘘病因常与肛窦炎、肛周脓肿等炎症性疾病相关。肛周出现炎症时，容易在肛门外出现一个外口，在肛门内出现一个内口，甚至在肛门内出现多个内口，连接内外口之间的弯曲盘折的窦道，称之为肛瘘。肛瘘具体的治疗方法与肛瘘复杂程度、高低有密切关系。
肛瘘根据位置分为高位瘘和低位瘘，根据复杂程度分为简单瘘和复杂瘘。简单性肛瘘的瘘管深达肛门内，很难通过服用药物抗炎来控制感染，达到肛瘘自行愈合的目的。因此，出现肛瘘时需及时切开、挂线疗法，或者直接切除等方式进行治疗。
对于复杂性肛瘘，由于无法通过简单切除愈合，甚至需要将局部组织大面积切开，将瘘管内坏死组织进行物理去除，致使新生肉芽组织由内向外生成，促使肛瘘痊愈。
