肛门窦道指的就是肛瘘，治疗肛瘘的方法很多，传统的肛瘘手术通常会破坏肛门括约肌，但多数情况下，即使破坏肛门括约肌，也不会造成肛门失禁这样严重的并发症或后遗症，但是肛门功能还是可能会受到一些影响。
目前来说，部分保留肛门括约肌的手术，如括约肌间瘘管结扎术或蛋白胶注射，这些手术能有效保留肛门括约肌，一般不会造成肛门失禁，但是复发率可能高达40%-60%。但从另一个角度而言，这些保留肛门括约肌的手术虽然复发率高，但肛门括约肌不会受到损伤，肛门括约肌一旦受到损伤，就很难予以修复，即使是复发，还可以进一步手术治疗，因此从这个角度而言，还是建议条件允许的情况下，尽量采取保留肛门括约肌的手术。
此外，部分肛瘘手术不能应用保留肛门括约肌手术，在手术本身就非常复杂的情况下，选择对肛门括约肌损伤最小的手术，是一种临床治疗的策略。
