无痛胃镜的麻醉对大多数人没有危害，少数人在做无痛胃镜时会出现血压降低、心率减慢等不良反应。无痛胃镜的麻醉是静脉麻醉，麻醉药物由静脉注入体内，使病人快速睡眠，十几分钟后胃镜检查结束，病人会快速醒来。无痛胃镜常用的麻醉药物是丙泊酚，这种药物起效快、代谢快，主要通过肾脏快速代谢，对病人几乎没有损害。
无痛胃镜不适合所有人做，有心、肺疾患的病人不适合做无痛胃镜。如果病人有窦性心动过缓、心功能不全、心肌病，以及肺部疾患，如哮喘、慢性支气管炎、慢性阻塞性肺病，不能做无痛胃镜。脑血管疾病的病人也不适合做无痛胃镜，特别是年龄较大、80岁以上的老年病人与儿童可以做无痛胃镜。
