针灸后头疼有以下原因：

1、针刺的后遗感：临床常见。即是在针刺的过程中，医生会尽量要求在针刺部位出现得气的感觉，即患者表现出来的酸、麻、胀、沉重、疼痛等感觉，这些都是得气的表现，也称为经络之气的感应，这是在临床上起到疗效的基础。所以在针刺的过程中，要求尽量要出现得气的反应，在出完针后，因为部分患者的个人体质原因，可能会出现针刺后遗感，即会遗留有局部的不适症状，如酸、麻、胀、疼以及头疼的症状。出现这种情况，患者休息后，局部可以轻微热敷，可以自行缓解，持续时间不会太久；

2、原发疾病：还可能与原发病有关，如有部分头疼或颈椎病的病人，可能会局部会出现头疼，即针刺后可能头疼不会较快缓解；

3、针灸的意外：可能是否出现有新的原发病，针灸的过程只要是严格按照规范去操作，基本上不会出现大的损害导致头疼，所以具体问题需具体看，如果出现经过休息后不缓解的情况，建议及时就医。