因为直肠是肠道末端，手术是有创性治疗，手术需要将肠道切断、重建，并且要同时切断支配肠道神经，术后功能或多或少会受到影响。尤其是中低位直肠癌，此部分病人术后早期排便习惯必然发生改变，如直肠前切除综合征，病人表现为疼痛、肛门坠胀感，主要是大便次数增多，每天大便几十次，每次排便量较少，排便后仍然感觉没有便干净。其为非常常见的问题，大多数随着时间延长，症状都会逐渐消失。
近几年低位保肛手术越来越多，极个别患者病变位置比较低，甚至离肛门2-3cm都力求保留肛门，这部分病人的恢复时间稍长，部分由于括约肌受到一定损伤，术后1-2年都恢复较差，甚至不可能完全恢复，但这种情况比较少见。
