治疗脑梗死急性期唯一的特效药物是溶栓药，也就是阿替普酶或者是尿激酶，这些药需要在发病4.5小时以内或者6小时以内，及时用在病人身上，用在没有禁忌症的病人，越早用效果越好，出血的风险也会越小。所以一旦发生脑卒中，需要尽快送往能够完善颅脑CT检查，并且要在能够完成溶栓治疗的医院。在急性期过后，脑梗死的恢复主要依靠康复锻炼，但脑梗死的病人往往容易复发，或者病情加重，这些是导致不良后果的主要原因。

即使是急性期过后，也需要长期的口服抗栓的药物预防复发，对于脑血管狭窄的病人，需要长期口服的药物是阿司匹林和氯吡格雷。如果是房颤或者心脏的瓣膜病变，则需要口服华法林或者新型的抗凝药，比如达比加群酯或者利伐沙班，减少心脏的栓子脱落，导致脑栓塞的风险。无以上药物禁忌症的脑梗死病人，每日都必须应用。

另外有一些药物作用于脑梗死的不同方面，比如他汀类的降脂药，可以帮助稳定斑块，促进缺血区改善供血，丁苯酞可以保护神经细胞的线粒体，改善脑代谢、脑循环。依达拉奉可以清除自由基，在疾病的早期减少脑梗死毒素对脑健康脑组织的影响。