小便时尿道刺痛，要根据其发生的原因选择用药。小便刺痛最常见的原因是下尿路感染，主要选择抗生素进行治疗，可以根据尿培养的结果，选择敏感抗生素，也可以经验性用药。推荐的药物包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类，以及第二代或第三代头孢菌素。
对于男性，还可能存在男性生殖系统问题，比如前列腺炎、精囊炎，也会出现尿道的刺痛。治疗方面首选抗生素治疗，也可以根据患者的伴随症状进行其他药物的选择。比如前列腺炎，可以根据排尿情况，以及是否存在疼痛等症状，结合α受体阻滞剂、M受体阻滞剂、非甾体消炎镇痛药物、植物制剂，以及中医药制剂进行综合治疗。必要时，还要结合前列腺按摩以及理疗。其他情况还可以见于尿路结石，尤其是输尿管末端结石或膀胱结石。对于结石，主要通过影像学检查。明确诊断以后，进行手术治疗。
